23日凌晨修改上传完毕，28日晚上邮件通知接受。
https://doi.org/10.1364/OE.392230
这篇文章的idea是使用重掺杂半导体代替金属。原来给硕士师兄做，但是他不会仿真也不愿学，我去找老师要来。在另一位硕士师兄已发表的耦合模理论的基础上，作为主要优化手段，写成了这篇文章。时间跨度从2019年寒假之前开始学习仿真，3、4月份完成主要结果，和郑师兄讨论。5月份开始写作，7月22日完成第一版发给老师。后来陆陆续续改了6个版本。
2020年寒假回家，春节前后发给大老板看过之后，2月2日第一次投稿，因为英语问题被退回，修改。3月4日第二次投稿，4月2日收到大修意见，编辑给了10天期限，由于疫情原因老板又和编辑要了10天。
整个文章的贡献其实主要是老师的，文字也是他修改的多，和第一版相比基本天差地别。我的贡献只有仿真的数据、图片和一个发现（随掺杂浓度非单调变化的等离子体频率）。
整体时间跨度接近1年，也算完成了一年一篇文章的目标。
科研向的光学仿真通常使用以Lumerical和COMSOL，分别基于 时域有限差分 (Finite-difference time-domain method, FDTD) 和 有限单元法( Finite Element Method，FEM)。
对于计算周期性结构的散射场，采用 严格耦合波分析法(Rigorous Coupled Wave Analysis, RCWA) 更具优势，是一种结合了 传输矩阵法(Transfer Matrix Method, TMM) 和 平面波展开发(Plane Wave Expansion Method, PWEM) 的半解析方法。 也被称为 傅里叶模式法(Fourier Modal Method, FMM) 。
Rsoft中diffractMOD采用了RCWA算法，所以又开了一个新坑，学习Rsoft。
在Youtube上发现了 CYBERNET SYSTEMS TAIWAN 思渤科技 的相关视频，并向B站搬运了其中两个播放列表，分别是 基础教学，和 Hologram AR Design（包括diffractMOD + MOST 这两个模块的教学）。
除了商业的软件，还有一些基于MATLAB 编写的程序，用于RCWA的计算。
注意点
Rsoft总体的使用并不难，在Symbol Table Editor中输入参数，在CAD绘制图形。注意点是材料参数的选取，和仿真的设置。所用的版本为8.0.2.1。
材料参数
在Material Editor 采用了解析的方式，通过拟合Drude-Lorentzian-Debye Resonance 描述材料性质，但是十分繁琐。
可以采用从已有文本文件中导入，需要遵循Standard RSoft File Format，详见Appendix B:File Formats。
示例：这一段包含两列数据，分别表示 实部和虚部 ，自变量范围为0~1，共11个点。
/rn,a,b/nx0/ls1 11 0 1 0 OUTPUT_REAL_IMAG 0.00 0.000 0.01 0.001 0.04 0.008 0.09 0.027 0.16 0.064 0.25 0.125 0.36 0.216 0.49 0.343 0.64 0.512 0.89 0.729 1.00 1.000
仿真设置
Rsoft仿真设置在Perform Simulation中，通过Output options选择输出观察的物理量。通过prefix修改文件名，可以在同一个CAD模型下，进行不同仿真。
参考：
今天学到了一个从字符串中提取数字的方法
对于字符串中数字出现格式相对固定的，可以使用’sscanf’函数， 功能为Read formatted data from string 。
我从文本文件中读取到文件名字符串，
str='R_topAu_hspacer=0.1[um],period=0.3[um].txt'
A = sscanf(str, 'R_topAu_hspacer=%f[um],period=%f[um].txt');
就可以提取出其中的0.1和0.3
由于需要经常变换结构参数，进行电磁仿真，通常使用comsol内的sweep功能进行波长扫描，手动输入结构参数十分繁琐，所以开发使用LiveLink™ for MATLAB的功能，实现自动化仿真。
最好的参考依旧是官方手册， 基于Client-Server架构，使用 MATLAB Client和Comsol Server。。
基本的连接操作如下：
参考：
2019年，华为杯第16届中国研究生数学建模竞赛在9月18日开始，组队参加这次比赛，得益于队友的支持，建模体验远好于本科时参与过的两次。
本科时国赛和两位交通学院的女生组队，建模程序文章全部我一人包圆，文章质量当然也是极差，没有获奖是意料之中。当年寒假，又和本学院的两位大神组队，参加美赛。那两位大佬国赛时和一名理学院的学弟组队，斩获国家二等奖。但是美赛的实际情况缺十分糟糕，四天三夜只得个安慰奖而已。并且报名、缴费等杂事也是我一人完成。这次体验，不免觉得这两个人在合伙搞我。
2019年和两位师兄报名了研究生数学建模，体验较好，合作愉快，结果另说。
选择D题，“汽车行驶工况构建”，主要是对数据的处理与挖掘。使用了主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）和K均值聚类（k-means clustering）的方法，也算花了两天时间学习了一下这些数据科学种的常用方法。时间安排的也非常好，不熬夜佛西建模，迅速的讨论建模，早早写完稿子交上。算是在平日科研中的一种调剂，换换思维方式。
2019-11-11，在双十一这一天出了成绩，又是成功参与奖，依旧是最菜的。
Zotero 使用笔记
Zotero 是一个免费的文献管理工具。关于 Zotero 的使用推荐阳志平老师的博客：
本文主要介绍几个比较有用的插件和自己平时的操作流程。
主要功能包括，文件重命名，导出 PDF 文件到指定目录，与云存储配合实现扩平台阅读。
Zotero 本身不支持 Bibtex 格式导入文章条目。该插件弥补了这一不足。
使用时，将 Bibtex 信息复制到 clipboard 中，然后选择 import from clipboard 即可。
使用 markdown 编写文章笔记，然后用 ctrl+alt+m 组合键将文本变为 html。该插件需要自行编译 xpi 插件包。
查找文章的引用数，将引用信息填入 extra 字段中。
P.S. 最新版本的插件可能会不工作，可以使用老版本的插件(例如 v1.8.4)。如果一次更新太多会被 Google 认为是 Robot，限制访问。
[预备] 同步到 webDAV 上（使用 digital ocean 的私服搭建）
另外，阳的博客（6）中使用的 chrome 插件已经过时，更新为 Chrono Download Manager。
extensions.zotero.recursiveCollections 字段，将其修改为 true 即可。open:config 进行修改（当前 Zotero 版本是 4.0.29.15）。
关于插件：
之前使用matlab进行仿真的解析计算。最近在处理实验数据，也使用到了matlab，对于一些常见的操作进行一下小结。
工具箱操作相对便捷，首先导入数据，打开工具箱，选择需要拟合的X和Y（或Z）的数据，选择拟合类型，可以实时的看到拟合的结果。
fit命令 可以用于拟合函数需要注意的是，fit命令返回的fitobject对象。
可以用 Fit Postprocessing 拟合后处理函数，从对象中提取需要的内容。
如feval(fitobject)可以得到拟合后的数值，plot(fitobject)可以绘制拟合前后的图像。
dir命令可以列出文件夹内容
dir(*.csv)可以列出当前文件夹所有.csv文件，然后我的做法是再再当前文件夹下保存为.mat文件，以供后续使用。
csvread('filename',r,c) 可以用来读取.csv文件，r，c，分别用于开始从表中读取数据的偏移量。
文件路径
当前路径下 （mat和m文件在一起）： load ***.mat;
在下一级路径下：load .\下一级路径的文件名\***.mat;
在上一级路径下：load ..\***.mat;
在平行文件夹内: load ..\平行的文件夹\***.mat;
length
用来获得一维数组的长度或者多维数组中最大的维数
array(array==0)=[]
删除0值
max 、min
最值
mean 、norm
算数平均值，平方和开根号
最后，最重要的仍然是勤于搜索和翻阅手册。
欢迎点击 Mathworks官方的 在线文档
最近仿真需要用到高斯光束，学习了一下高斯光束的设置和相关理论。
在一定频率下，Maxwell方程并不独立完全独立，只有法拉第定律和安培定律（加位移电流）的两个方程独立。求解电场或磁场可以得到Helmholtz方程，是一定频率下电磁波的基本方程。其解是电场代表电磁波场强在空间中的分布，每种可能的形式成为一种波模。
基本的解有平面波、球面波和高斯光束。高斯光束在束腰可以看作平面波，而在远离束腰的地方可以看作球面波，是连接平面波和球面波的一种过渡的形式。
高斯光束的方程为：
$ \frac{E(r,z,t)}{E_0}=\frac{w_0}{w(z)}exp[-(\frac{r}{w(z)})^2]exp[i(\omega t-\Phi _T-\Phi _L)]$
高斯光束的基本参数有：
– Beam radius : $w(z)=w_0\sqrt{1+(\frac{z}{z_R})^2}$，代表z点处光斑半径
– Radius of curvature of phase front : $R(z)=z[1+(\frac{z_R}{z})^2]$，代表等相位面
– Transverse phase ： $\Phi T(r,z)=\frac{kr^2}{2R(z)}$
– longitudinal phase : $\Phi _L(z)=k_z-arctan(\frac{z}{z_R})$
– Rayleigh Length ： $ z_R=\frac{\pi w_0^2}{\lambda }$，也称为高斯光束的共焦参数
– Divergence angle ： $\Theta =2\theta =2\times \lim{z \to \infty } arctan(\frac{w(z)}{z})\simeq \frac{\lambda _0}{\pi nw_0}$，代表远场发散角
参考：
1. Understanding the Paraxial Gaussian Beam Formula
2. Gaussian beam – wikipedia
3. Gaussian beam – Youtube
使用origin软件，Tools→Digitizer
先设定参考，X1,X2,Y1,Y2
然后提取一些离散点，双击确认，然后点DONE
最后点 Go To Data
参考：
如何抓取图片上的数据